Masane recibe una explicación de Segawa sobre la situación actual de la NSWF y su relación con Witchblade. Masane y Rihoko, quienes se mudaron al edificio Natsuki desde un hotel organizado por Doji, están emocionados de vivir juntos por primera vez. Ir a un baño público, ir de compras… Los dos están entusiasmados con su nueva vida, pero cuando Tozawa se entera de que Masane estaba presente en el centro de detención el día del incidente, lo nota de inmediato. Mientras tanto, un nuevo enemigo está a punto de atacar a Masane.

En un futuro no muy lejano, dos organizaciones están en busca del arma definitiva: la Doji Heavy Industry desarrolla las máquinas más poderosas, mientras que la NSWF intenta crear seres humanos superiores a través de la manipulación genética. Ambas organizaciones intentan desarrollar el "Witchblade", un arma que sólo puede ser manejada por mujeres con grandes cualidades y con capacidad para controlar su poder al máximo. Después de que hayan transcurrido seis años desde el gran terremoto que dejó gran parte del planeta cubierto por agua, Amaha Masane y su hija Naoko deciden mudarse a Tokyo; lo que ellas no sabían es que allí las aguardan los oscuros poderes que encierran los "Witchblade" y un destino cruel e incierto...