Masane y Rihoko, que no quieren separarse, se quedan con el amigo de Cho. Por otro lado, María, que aún es joven, recibe la promesa de su padre de que ‘si puedo usar el Clone Blade, te dejaré conocer a ‘Mama’’. En ese momento, Nishida, que estaba interesada en la existencia de Rihoko, le envió a Nora. Sin embargo, fue Rena quien se interpuso en su camino. Masane es testigo de la situación…

En un futuro no muy lejano, dos organizaciones están en busca del arma definitiva: la Doji Heavy Industry desarrolla las máquinas más poderosas, mientras que la NSWF intenta crear seres humanos superiores a través de la manipulación genética. Ambas organizaciones intentan desarrollar el "Witchblade", un arma que sólo puede ser manejada por mujeres con grandes cualidades y con capacidad para controlar su poder al máximo. Después de que hayan transcurrido seis años desde el gran terremoto que dejó gran parte del planeta cubierto por agua, Amaha Masane y su hija Naoko deciden mudarse a Tokyo; lo que ellas no sabían es que allí las aguardan los oscuros poderes que encierran los "Witchblade" y un destino cruel e incierto...