Futuro cercano, Tokio. Masane Amaha y su hija Rihoko se encuentran en este pueblo, que se encuentra en plena recuperación del terremoto de hace seis años. Han escapado del control de la Agencia de Bienestar Infantil, buscando vivir juntos. Sin embargo, son capturados por la Agencia de Bienestar y obligados a vivir separados nuevamente. Por otro lado, en la ciudad de Tokio, misteriosos asesinatos ocurrían con frecuencia. Rihoko planea un escape desesperado en busca de Masane. En ese momento, una espeluznante sombra demoníaca estaba a punto de atacar a Masane, quien estaba encerrado en una prisión.

En un futuro no muy lejano, dos organizaciones están en busca del arma definitiva: la Doji Heavy Industry desarrolla las máquinas más poderosas, mientras que la NSWF intenta crear seres humanos superiores a través de la manipulación genética. Ambas organizaciones intentan desarrollar el "Witchblade", un arma que sólo puede ser manejada por mujeres con grandes cualidades y con capacidad para controlar su poder al máximo. Después de que hayan transcurrido seis años desde el gran terremoto que dejó gran parte del planeta cubierto por agua, Amaha Masane y su hija Naoko deciden mudarse a Tokyo; lo que ellas no sabían es que allí las aguardan los oscuros poderes que encierran los "Witchblade" y un destino cruel e incierto...