Tozawa se entera de las “hermanas” y le dice a Masane que traiga de vuelta a Rihoko. Masane se niega y dice: ‘No estoy calificado’, pero cuando siente el peligro que se acerca a Rihoko, inmediatamente salta. En el camino, había una figura de Excon y otros que fueron despertados al ser inspirados por un tremendo ‘poder’. Por otro lado, Rena intercepta a Maria, quien se entrega a la ira y activa el Clone Blade, pero…

En un futuro no muy lejano, dos organizaciones están en busca del arma definitiva: la Doji Heavy Industry desarrolla las máquinas más poderosas, mientras que la NSWF intenta crear seres humanos superiores a través de la manipulación genética. Ambas organizaciones intentan desarrollar el "Witchblade", un arma que sólo puede ser manejada por mujeres con grandes cualidades y con capacidad para controlar su poder al máximo. Después de que hayan transcurrido seis años desde el gran terremoto que dejó gran parte del planeta cubierto por agua, Amaha Masane y su hija Naoko deciden mudarse a Tokyo; lo que ellas no sabían es que allí las aguardan los oscuros poderes que encierran los "Witchblade" y un destino cruel e incierto...