Takayama, quien fue testigo del poder de Masane usando la ‘Hoja de la bruja’ en el experimento, le hace una propuesta a Masane. Decía: ’Si usas el poder de Witchblade para emprender el exterminio de Excon, garantizaré mi vida con mi hija, Rihoko'. Por otro lado, su hija Rihoko, que ha escapado del Edificio Natsuki, se dirige sola al lugar que le habían prometido, ‘Bajo la Torre de Tokio’, para encontrarse con Masane…

En un futuro no muy lejano, dos organizaciones están en busca del arma definitiva: la Doji Heavy Industry desarrolla las máquinas más poderosas, mientras que la NSWF intenta crear seres humanos superiores a través de la manipulación genética. Ambas organizaciones intentan desarrollar el "Witchblade", un arma que sólo puede ser manejada por mujeres con grandes cualidades y con capacidad para controlar su poder al máximo. Después de que hayan transcurrido seis años desde el gran terremoto que dejó gran parte del planeta cubierto por agua, Amaha Masane y su hija Naoko deciden mudarse a Tokyo; lo que ellas no sabían es que allí las aguardan los oscuros poderes que encierran los "Witchblade" y un destino cruel e incierto...