Para seguir desarrollando Cloneblade, Nishida se apresura a analizar los datos capturados de Masane y Witchblade. Por otro lado, Masane fue rescatada de forma segura de la NSWF por el arreglo de Takayama y otros, pero fue un hecho inesperado que Masane y Rihoko estaban esperando su reencuentro.

En un futuro no muy lejano, dos organizaciones están en busca del arma definitiva: la Doji Heavy Industry desarrolla las máquinas más poderosas, mientras que la NSWF intenta crear seres humanos superiores a través de la manipulación genética. Ambas organizaciones intentan desarrollar el "Witchblade", un arma que sólo puede ser manejada por mujeres con grandes cualidades y con capacidad para controlar su poder al máximo. Después de que hayan transcurrido seis años desde el gran terremoto que dejó gran parte del planeta cubierto por agua, Amaha Masane y su hija Naoko deciden mudarse a Tokyo; lo que ellas no sabían es que allí las aguardan los oscuros poderes que encierran los "Witchblade" y un destino cruel e incierto...