Neogene de nueva generación, las expectativas de Nishida crecen para el crecimiento de María. Y Takayama, que se desmayó y fue llevado al edificio de Natsuki. Rihoko va de compras sola para cocinar para el ‘jefe de su mamá’, pero de repente se derrumba en la calle. Fue Masane quien corrió al hospital a toda prisa. Se siente aliviado al saber que la condición de Rihoko es leve. El alivio dura poco, pero Nora ataca de repente.

En un futuro no muy lejano, dos organizaciones están en busca del arma definitiva: la Doji Heavy Industry desarrolla las máquinas más poderosas, mientras que la NSWF intenta crear seres humanos superiores a través de la manipulación genética. Ambas organizaciones intentan desarrollar el "Witchblade", un arma que sólo puede ser manejada por mujeres con grandes cualidades y con capacidad para controlar su poder al máximo. Después de que hayan transcurrido seis años desde el gran terremoto que dejó gran parte del planeta cubierto por agua, Amaha Masane y su hija Naoko deciden mudarse a Tokyo; lo que ellas no sabían es que allí las aguardan los oscuros poderes que encierran los "Witchblade" y un destino cruel e incierto...