Masane continúa trabajando con Wado, pero después de interactuar con Rihoko y los demás, eventualmente acepta sus sentimientos honestos por Takayama. Masane visita a Takayama, pero mientras lucha para proteger a Takayama de un ataque de Yagi que usa Ultimate Blade, aparece cierto cambio en Witchblade. Por otro lado, María, que ha ‘crecido’, le hace una cierta ‘súplica’ a su padre.

En un futuro no muy lejano, dos organizaciones están en busca del arma definitiva: la Doji Heavy Industry desarrolla las máquinas más poderosas, mientras que la NSWF intenta crear seres humanos superiores a través de la manipulación genética. Ambas organizaciones intentan desarrollar el "Witchblade", un arma que sólo puede ser manejada por mujeres con grandes cualidades y con capacidad para controlar su poder al máximo. Después de que hayan transcurrido seis años desde el gran terremoto que dejó gran parte del planeta cubierto por agua, Amaha Masane y su hija Naoko deciden mudarse a Tokyo; lo que ellas no sabían es que allí las aguardan los oscuros poderes que encierran los "Witchblade" y un destino cruel e incierto...