Rihoko termina viviendo en la casa de Rena. Rena se vuelve más consciente de los ‘cambios’ que ocurren en su cuerpo. Takayama lleva a Masane, quien dice abatido: ‘Ya no tengo intención de pelear’, a un lugar determinado. En ese momento, Wado estaba a punto de lanzar un nuevo proyecto en Doji Heavy Industries. Por otro lado, en la NSWF, estaba María, que estaba ansiosa por ver a su ‘mamá’ después de usar con éxito el Clone Blade mejorado.

En un futuro no muy lejano, dos organizaciones están en busca del arma definitiva: la Doji Heavy Industry desarrolla las máquinas más poderosas, mientras que la NSWF intenta crear seres humanos superiores a través de la manipulación genética. Ambas organizaciones intentan desarrollar el "Witchblade", un arma que sólo puede ser manejada por mujeres con grandes cualidades y con capacidad para controlar su poder al máximo. Después de que hayan transcurrido seis años desde el gran terremoto que dejó gran parte del planeta cubierto por agua, Amaha Masane y su hija Naoko deciden mudarse a Tokyo; lo que ellas no sabían es que allí las aguardan los oscuros poderes que encierran los "Witchblade" y un destino cruel e incierto...