¡Activa Witchblade! Y Takayama de Doji Heavy Industries y Furumizu (Padre) de NSWF, quienes rápidamente perciben la información. Takayama acepta la custodia de Masane y declara que 'Witchblade la está poseyendo'. Mientras tanto, Rihoko fue evacuada temporalmente al edificio Natsuki donde vive Tozawa. Masane y Rihoko permanecen separados mientras se preocupan por el paradero del otro. Luego, para medir la habilidad de Masane como ‘usuario de Witchblade', Takayama usa un arma de combate contra Masane.

En un futuro no muy lejano, dos organizaciones están en busca del arma definitiva: la Doji Heavy Industry desarrolla las máquinas más poderosas, mientras que la NSWF intenta crear seres humanos superiores a través de la manipulación genética. Ambas organizaciones intentan desarrollar el "Witchblade", un arma que sólo puede ser manejada por mujeres con grandes cualidades y con capacidad para controlar su poder al máximo. Después de que hayan transcurrido seis años desde el gran terremoto que dejó gran parte del planeta cubierto por agua, Amaha Masane y su hija Naoko deciden mudarse a Tokyo; lo que ellas no sabían es que allí las aguardan los oscuros poderes que encierran los "Witchblade" y un destino cruel e incierto...