Masane y Rihoko son guiados a un hotel de lujo preparado por Takayama. Sin embargo, debido al ojo vigilante de Segawa, los dos, que están algo inquietos, deciden dejarlos vivir en el Edificio Natsuki donde se ha refugiado Rihoko. Sin embargo, todos en el edificio Natsuki, incluida la propietaria Mariko, parecen tener sus propias peculiaridades. Mientras tanto, la NSWF, convencida de que Takayama ha obtenido la Witchblade, comienza una búsqueda a gran escala para descubrir la verdad. Alrededor de ese tiempo, Masane, a quien Takayama le ordenó ir a exterminar a Excon, se encuentra con una hermosa guerrera.

En un futuro no muy lejano, dos organizaciones están en busca del arma definitiva: la Doji Heavy Industry desarrolla las máquinas más poderosas, mientras que la NSWF intenta crear seres humanos superiores a través de la manipulación genética. Ambas organizaciones intentan desarrollar el "Witchblade", un arma que sólo puede ser manejada por mujeres con grandes cualidades y con capacidad para controlar su poder al máximo. Después de que hayan transcurrido seis años desde el gran terremoto que dejó gran parte del planeta cubierto por agua, Amaha Masane y su hija Naoko deciden mudarse a Tokyo; lo que ellas no sabían es que allí las aguardan los oscuros poderes que encierran los "Witchblade" y un destino cruel e incierto...