Al darse cuenta del tremendo poder de Witchblade, Maria elige a ‘Asagi’ como una nueva fuerza para capturar Witchblade. Y Wado también envió a IU Weapon con el pretexto de ‘Exterminar a exconvictos’ y estaba tratando de capturar a Witchblade. Por otro lado, Masane, quien está listo para su propia muerte, invita a Rihoko a ir de excursión.

En un futuro no muy lejano, dos organizaciones están en busca del arma definitiva: la Doji Heavy Industry desarrolla las máquinas más poderosas, mientras que la NSWF intenta crear seres humanos superiores a través de la manipulación genética. Ambas organizaciones intentan desarrollar el "Witchblade", un arma que sólo puede ser manejada por mujeres con grandes cualidades y con capacidad para controlar su poder al máximo. Después de que hayan transcurrido seis años desde el gran terremoto que dejó gran parte del planeta cubierto por agua, Amaha Masane y su hija Naoko deciden mudarse a Tokyo; lo que ellas no sabían es que allí las aguardan los oscuros poderes que encierran los "Witchblade" y un destino cruel e incierto...