Dooku es encontrado por la República y después de una larga cacería, logra escapar. Sin embargo es capturado por un grupo de piratas, liderados por Hondo Ohnaka. Cuando el pirata se entera del valor de Dooku, pide a la República la paga de un millón de créditos, si quieren llevarlo ante la justicia.

La escasa tropa Jedi lucha por mantener la libertad y devolver la paz a la Galaxia frente al aparentemente interminable ejército droide, clones diseñados genéticamente. A través de cientos de planetas, los Caballeros Jedi y los Separatistas combaten por el futuro de la Galaxia, pero el número de planetas que van cayendo en manos del Lado Oscuro cada vez es mayor a causa de los movimientos de los Separatistas. El terrible conflicto se agrava porque nuestros héroes se ven absorbidos por la confusión de guerra, mientras el Conde Dooku, el asesino Asajj Ventress, su maestro Darth Sidious, el General Grievous y una amplia galería de enemigos nunca antes visto también conspiran y se unen para derrotarlos. La historias de la serie 'Star Wars: The clone wars' transcurre entre el "Episodio II: El ataque de los clones' y el "Episodio III: La venganza de los Sith" de la saga Star Wars.