La falta de soldados de la República ha obligado a jóvenes clones a participar en la guerra antes de terminar su entrenamiento intensivo. Aprovechando la situación, Grievous lanza una invasión a Kamino, para lo cual antes requiere invadir una base en una luna. Cuando el grupo de reclutas que la controla se ve obligado a escapar, el capitán Rex y Cody llegan para hacer una inspección. Tras darse cuenta de lo ocurrido, se encuentran con los reclutas supervivientes y se disponen a defender la base. Tras darse cuenta que no podrán mantener posesión de la base la destruyen para así alertar a la flota republicana del ataque separatista.

La escasa tropa Jedi lucha por mantener la libertad y devolver la paz a la Galaxia frente al aparentemente interminable ejército droide, clones diseñados genéticamente. A través de cientos de planetas, los Caballeros Jedi y los Separatistas combaten por el futuro de la Galaxia, pero el número de planetas que van cayendo en manos del Lado Oscuro cada vez es mayor a causa de los movimientos de los Separatistas. El terrible conflicto se agrava porque nuestros héroes se ven absorbidos por la confusión de guerra, mientras el Conde Dooku, el asesino Asajj Ventress, su maestro Darth Sidious, el General Grievous y una amplia galería de enemigos nunca antes visto también conspiran y se unen para derrotarlos. La historias de la serie 'Star Wars: The clone wars' transcurre entre el "Episodio II: El ataque de los clones' y el "Episodio III: La venganza de los Sith" de la saga Star Wars.