Tras el informe de una extraña arma secreta separatista que no deja supervivientes, Plo Koon es enviado a investigar. El arma se trata de un cañón iónico, un arma que desactiva las defensas republicanas para luego destruirlas con sus múltiples cañones, llamado Malevolencia. El malvado general Grievous ataca la flota de Plo, sin embargo él y otros clones huyen en cápsulas de escape. Cuando la noticia llega al consejo Jedi, Anakin Skywalker y Ahsoka Tano salen en la búsqueda del maestro Plo, quien además tiene otro problema: un escuadrón de droides cazadores que se encargan de asesinar a los supervivientes en las cápsulas de escape.

La escasa tropa Jedi lucha por mantener la libertad y devolver la paz a la Galaxia frente al aparentemente interminable ejército droide, clones diseñados genéticamente. A través de cientos de planetas, los Caballeros Jedi y los Separatistas combaten por el futuro de la Galaxia, pero el número de planetas que van cayendo en manos del Lado Oscuro cada vez es mayor a causa de los movimientos de los Separatistas. El terrible conflicto se agrava porque nuestros héroes se ven absorbidos por la confusión de guerra, mientras el Conde Dooku, el asesino Asajj Ventress, su maestro Darth Sidious, el General Grievous y una amplia galería de enemigos nunca antes visto también conspiran y se unen para derrotarlos. La historias de la serie 'Star Wars: The clone wars' transcurre entre el "Episodio II: El ataque de los clones' y el "Episodio III: La venganza de los Sith" de la saga Star Wars.