Todd contacta a Atlantis en busca de ayuda, uno de sus subordinados ha tomado el control de una nave colmena potenciada por MPCs. El Dédalo es enviado a destruirla pero es rápidamente incapacitado, cuando todo parece perdido, la colmena salta al hiperespacio; pronto McKay descubre la razón, una señal proveniente de una realidad alterna (Vegas) ha informado a la colmena de la ubicación de la Tierra. En la Via Láctea el Apollo y el Sun Tzu interceptan a la colmena pero tienen el mismo resultado que el Dédalo. Con la silla de los Antiguos destruida por los Espectros y sin naves disponibles para defender la Tierra, Atlantis regresa al que una vez fue su hogar, pero quizás ni la poderosa ciudad sea suficiente contra esta amenaza.

Stargate Atlantis es una serie de ciencia-ficción basada en la serie Stargate SG-1 que se estrenó el 16 de julio de 2004 en el Sci-Fi channel americano. Pensada en un principio para suceder a Stargate SG-1, cuando éste fue renovada por una nueva temporada, la acción de Stargate Atlantis se trasladó a la galaxia de Pegaso. La serie fue un éxito instántaneo, superando incluso, en ocasión, a su predecesora. La historia de la serie parte del final de la séptima temporada y el inicio de la octava de Stargate SG-1. Un grupo de científicos, entre los que se encuentran el Dr. Jackson, la Dra. Weir y el Dr. McKay, están estudiando el puesto avanzado de los Antiguos que O'Neill descubrió al final de la séptima temporada. El Dr. Jackson consigue averiguar que pasó con Atlantis: los Antiguos se la llevaron a otra galaxia, Pegaso, y tiene la dirección de donde fueron. El problema es que abrir el Stargate a otra galaxia gasta mucha energía, por lo que es posible que sea un viaje sin retorno. Sin embargo, una expedición científico-militar, capitaneada por la propia Weir, decide embancarse en la aventura y parte hacia la ciudad perdida de los Antiguos, Atlantis. Una vez allí, se encontrarán con un enemigo mucho peor que los Goaul'd; los Wraith (Espectros), una raza que se alimenta de la energía vital de los seres humanos y que, 10.000 años atrás, obligaron a los Antiguos a abandonar Pegaso y volver a la Tierra.