Cincuenta años han pasado desde que Jack llegó en el futuro; la espada no se encuentra, se ha perdido la esperanza de volver a su tiempo, y es atormentado por alucinaciones de sus padres, su reino, y una misteriosa figura a caballo. Jack rescata a una madre y su hija de varios robots, y vaga por la tierra en una motocicleta. Scaramouche -un robot parlanchín asesino de estilo musical- ha destruido un pueblo y mató a toda su gente para llamar la atención de Jack, quien lo destruye. Mientras tanto, siete chicas jóvenes son criadas y entrenadas desde su nacimiento para convertirse en las Hijas de Aku, un equipo de asesinos de élite con el único propósito de matar a Jack.

Samurai Jack cuenta la historia de un joven príncipe cuyo imperio ha sido destruido por un demonio caído de los cielos llamado Aku. Jack consigue huir de la destrucción y dedica el resto de su vida a entrenarse para poder recuperar su reino y derrotar Aku, vengando así la muerte de todo su pueblo.