Las vidas de las chicas se han puesto patas arriba por su cautiverio y cada una de ellas está en busca de respuestas para dar sentido a su terrible experiencia. Aria se centra en Andrew al tratar de averiguar quién es este chico realmente, mientras que Emily intenta conectar con un nuevo amigo. Al estilo de Spencer, ella está en una misión para obtener respuestas acerca de Charles de Ali y Jason. Hanna quiere llevar a los cuatro amigas de nuevo juntos para que puedan dejar atrás lo que pasó en la casa de muñecas. Mientras tanto, Alison ya no es la abeja reina/chica mala que una vez fue - pero ¿quién es ahora? Un nuevo amigo intenta ayudarla a encontrar el coraje de comenzar de nuevo y encontrar la "nueva" Alison.

La trama sigue la vida de cuatro amigas (Spencer, Hanna, Aria y Emily) tras la desaparición de Alison, la quinta del grupo. Un año después comienzan a recibir mensajes anónimos de alguien que se hace llamar A. Los mensajes amenazan con rebelar sus secretos, incluso algunos que sólo Alison sabía.