Con Ali ahora de nuevo en Rosewood, intenta recuperar el puesto de líder del grupo, pero descubre que sus cuatro amigas no están dispuestas a seguir ciegamente cada uno de sus caprichos como alguna vez lo estaban. Aparte de sentir presión por Alison, Aria, Emily, Hanna y Spencer también se sienten acosadas en la escuela con la preparatoria concentrando su atención en las mentirosas. Mientras la mayoría de los chicos tienen curiosidad por lo que le ocurrió a Alison, algunos están mas concentrados en planear algo para el regreso de Alison a la escuela. Mientras tanto, la depresión de Aria continúa, y busca consuelo de una fuente inesperada

La trama sigue la vida de cuatro amigas (Spencer, Hanna, Aria y Emily) tras la desaparición de Alison, la quinta del grupo. Un año después comienzan a recibir mensajes anónimos de alguien que se hace llamar A. Los mensajes amenazan con rebelar sus secretos, incluso algunos que sólo Alison sabía.