La nueva posición de Toby en el departamento de policías de Rosewood era para dar a las PLL una mano y asi finalmente cerrarle las puertas a Ali y al juego de "A". Pero cuando una sorprendente pieza de evidencia aparece, Toby se encuentra en una situación difícil con su trabajo y con Spencer. No sabe si confiar en la policía o en la evidencia que "sorprendentemente" aparece, Spencer intenta convencer a Toby a alejarse de su reacción moral con la ley, que pone tensión en su relación. Mientras tanto, Emily y Aria toman medidas drásticas para mantener el control de las situaciones que están fuera de sus manos y que podría afectar su futuro.

La trama sigue la vida de cuatro amigas (Spencer, Hanna, Aria y Emily) tras la desaparición de Alison, la quinta del grupo. Un año después comienzan a recibir mensajes anónimos de alguien que se hace llamar A. Los mensajes amenazan con rebelar sus secretos, incluso algunos que sólo Alison sabía.