Lyra y Will se encuentran en un lugar nuevo y extraño. El Magisterio toma medidas cuando la Sra. Coulter interroga a una presunta bruja hereje, y Lee Scoresby se embarca en una misión.

Lyra es una huérfana que vive en un universo paralelo en el que la ciencia, la teología y la magia están entrelazadas. La búsqueda de Lyra de un amigo secuestrado descubre un siniestro complot que involucra a niños robados, y se convierte en una búsqueda para comprender un fenómeno misterioso llamado Dust. Más tarde, en su viaje, se une a Will, un niño que posee un cuchillo que puede cortar ventanas entre mundos. A medida que Lyra se entera de la verdad sobre sus padres y su destino profetizado, los dos jóvenes se ven envueltos en una guerra contra los poderes celestiales que se extiende a lo largo de muchos mundos.