La serie salta 10 años en el futuro, cuando Bruce Wayne se prepara para regresar a Gotham para la apertura de la nueva Torre Wayne. Una serie de crímenes lleva a Gordon a creer que el Pingüino y Acertijo están haciendo con sus viejos trucos. Sin embargo, cuando Bullock es inculpado injustamente por un asesinato, Gordon comienza a develar una trama más siniestra que amenaza a la ciudad, y una nueva figura emerge desde las sombras para ser el héroe que Gotham necesita desesperadamente.

Un nuevo recluta en el Departamento de Policía de Gotham City , James Gordon , se empareja con el veterano detective Harvey Bullock para resolver uno de los casos de más alto perfil de Gotham: el asesinato de Thomas y Martha Wayne . Durante su investigación, Gordon se reúne con el hijo de los Wayne ' Bruce , ahora bajo el cuidado de su mayordomo Alfred Pennyworth . El encuentro con el joven Wayne obliga aún más a Gordon a coger al misterioso asesino. En el camino, Gordon se involucra con las familias y asociados de la mafia de Gotham, incluyendo la Gángster Fish Mooney. Finalmente, Gordon se ve obligado a formar una amistad con Wayne, una amistad que le ayudará a formar el futuro del niño para convertirse en el Caballero Oscuro.