Las cosas se complican para Gordon, Sofia y el Pingüino cuando Carmine Falcone llega a la ciudad. Alfred trata de llegar a Bruce de una vez por todas, mientras que Nygma lucha para obtener el control sobre la personalidad del Acertijo y Tabitha intenta que Grundy recuerde su pasado. Mientras tanto, una sonrisa familiar resurge en Gotham.

Un nuevo recluta en el Departamento de Policía de Gotham City , James Gordon , se empareja con el veterano detective Harvey Bullock para resolver uno de los casos de más alto perfil de Gotham: el asesinato de Thomas y Martha Wayne . Durante su investigación, Gordon se reúne con el hijo de los Wayne ' Bruce , ahora bajo el cuidado de su mayordomo Alfred Pennyworth . El encuentro con el joven Wayne obliga aún más a Gordon a coger al misterioso asesino. En el camino, Gordon se involucra con las familias y asociados de la mafia de Gotham, incluyendo la Gángster Fish Mooney. Finalmente, Gordon se ve obligado a formar una amistad con Wayne, una amistad que le ayudará a formar el futuro del niño para convertirse en el Caballero Oscuro.