Con el virus mortal propagándose por toda la ciudad, la búsqueda del antídoto continúa, mientras que Fish Mooney, el Acertijo y el Pingüino revelan sus propios planes. Bruce conoce a Ra's Al Ghul y completa su última tarea para cumplir con su destino, pero se da cuenta de que no puede dejar de lado a su pasado. Mientras tanto, Gordon trata de recuperar a Lee, y las alianzas pasadas en Gotham se rompen mientras se forman unas nuevas.

Un nuevo recluta en el Departamento de Policía de Gotham City , James Gordon , se empareja con el veterano detective Harvey Bullock para resolver uno de los casos de más alto perfil de Gotham: el asesinato de Thomas y Martha Wayne . Durante su investigación, Gordon se reúne con el hijo de los Wayne ' Bruce , ahora bajo el cuidado de su mayordomo Alfred Pennyworth . El encuentro con el joven Wayne obliga aún más a Gordon a coger al misterioso asesino. En el camino, Gordon se involucra con las familias y asociados de la mafia de Gotham, incluyendo la Gángster Fish Mooney. Finalmente, Gordon se ve obligado a formar una amistad con Wayne, una amistad que le ayudará a formar el futuro del niño para convertirse en el Caballero Oscuro.