Algunos de los villanos más trastornados de Gotham se unen, mientras que el Acertijo continúa su conquista de la ciudad. Gordon sale en busca de respuestas y todos los caminos lo llevan de vuelta hacia la Corte de los Búhos. Mientras tanto, cuando Alfred empieza a notar un cambio en Bruce, Bruce 2 confía en Selina.

Un nuevo recluta en el Departamento de Policía de Gotham City , James Gordon , se empareja con el veterano detective Harvey Bullock para resolver uno de los casos de más alto perfil de Gotham: el asesinato de Thomas y Martha Wayne . Durante su investigación, Gordon se reúne con el hijo de los Wayne ' Bruce , ahora bajo el cuidado de su mayordomo Alfred Pennyworth . El encuentro con el joven Wayne obliga aún más a Gordon a coger al misterioso asesino. En el camino, Gordon se involucra con las familias y asociados de la mafia de Gotham, incluyendo la Gángster Fish Mooney. Finalmente, Gordon se ve obligado a formar una amistad con Wayne, una amistad que le ayudará a formar el futuro del niño para convertirse en el Caballero Oscuro.