Después de que Gordon salga de custodia preventiva, empieza a enfrentarse a nuevas amenazas y peligros dentro de los muros de la prisión. Para poder sobrevivir, debe confiar en un nuevo amigo, así como en Bullock y otra ayuda del exterior. Mientras tanto, El Pingüino se vuelve más cercano a su padre, mientras su madrastra y sus hermanastros avanzan con sus propios planes para la familia.

Un nuevo recluta en el Departamento de Policía de Gotham City , James Gordon , se empareja con el veterano detective Harvey Bullock para resolver uno de los casos de más alto perfil de Gotham: el asesinato de Thomas y Martha Wayne . Durante su investigación, Gordon se reúne con el hijo de los Wayne ' Bruce , ahora bajo el cuidado de su mayordomo Alfred Pennyworth . El encuentro con el joven Wayne obliga aún más a Gordon a coger al misterioso asesino. En el camino, Gordon se involucra con las familias y asociados de la mafia de Gotham, incluyendo la Gángster Fish Mooney. Finalmente, Gordon se ve obligado a formar una amistad con Wayne, una amistad que le ayudará a formar el futuro del niño para convertirse en el Caballero Oscuro.