Con El Penguin coronado como Rey de Gótica y un fuerte cimbornazo en el GCPD de por medio, el Detective James Gordon duda sobre su moral tras acudir al Penguin en busca de ayuda. Mientras tanto, Bruce Wayne continúa explorando la oficina secreta de su padre y los recién llegados Theo y Tabitha Galavan se alían con un grupo de peligrosos reclusos de Arkham.

Un nuevo recluta en el Departamento de Policía de Gotham City , James Gordon , se empareja con el veterano detective Harvey Bullock para resolver uno de los casos de más alto perfil de Gotham: el asesinato de Thomas y Martha Wayne . Durante su investigación, Gordon se reúne con el hijo de los Wayne ' Bruce , ahora bajo el cuidado de su mayordomo Alfred Pennyworth . El encuentro con el joven Wayne obliga aún más a Gordon a coger al misterioso asesino. En el camino, Gordon se involucra con las familias y asociados de la mafia de Gotham, incluyendo la Gángster Fish Mooney. Finalmente, Gordon se ve obligado a formar una amistad con Wayne, una amistad que le ayudará a formar el futuro del niño para convertirse en el Caballero Oscuro.