Un inexplicable ataque alienígena siembra el caos dejando gran parte del mundo devastado. Los supervivientes se agrupan fuera de las ciudades para comenzar la difícil tarea de luchar contra el enemigo. El profesor de historia Tom Mason (Noah Wyle) es nombrado el segundo al mando en "La Segunda" de Massachusetts. Su misión será salvar todas las vidas posibles del grupo al que se le ha encomendado, pero su otro centro de atención son sus tres hijos, ya que uno de ellos ha sido capturado por los alienígenas sin saber con qué objetivo.

Falling Skies cuenta la historia de las secuelas de una invasión alienígena que, además de neutralizar toda la tecnología avanzada y la generación de electricidad, elimina a la gran mayoría de las fuerzas militares de todos los países en un tiempo corto. Se infiere que cerca del 90% de la población mundial fue eliminada en la primera ola del ataque. La historia comienza 6 meses después de la invasión.