Eureka tiene problemas internos que hacen que fallen varios ordenadores, los del aire acondicionado, los semáforos, las vayas electrificadas... Después de que Henry descubriera un virus que afecta a la intranet de Eureka, Jack y Allison creen que este hecho está relacionado con la misteriosa vuelta a Eureka de Callister Raynes, un joven y prometedor programador que abandonó la ciudad hace algún tiempo cuando todo el mundo creía que era culpable de originar un incendio en un laboratorio, todo el mundo menos Nathan Stark.

Eureka se creó después de la 2ª Guerra Mundial, tras las bombas de Hiroshima y Nagasaki. Quedó entonces patente que el papel de la ciencia y la tecnología podía tener consecuencias catastróficas para nuestro mundo. La raza humana estuvo a punto de perecer… y América no podía permitirse que un riesgo así volviera a presentarse. Con la ayuda de Albert Einstein y otros consejeros de su confianza, el Presidente Harry S. Truman proyectó la construcción de una ciudad altamente secreta, en una zona remota del Pacífico Noroeste que serviría para proteger al mundo y también para estimular el ingenio de las mentes más privilegiadas de América. Allí, Einstein y sus colaboradores esperaban que los genios pudieran vivir y trabajar en armonía, ayudándose unos a otros. En Eureka se hallan los más grandes pensadores y los super-genios de la nación que trabajan en la próxima era de logros científicos.