Después de una explosión en el laboratorio que acaba con años de investigación sobre la regeneración celular, Stark despide al Doctor Carl Carlson. Al perder todo lo que tenía en la vida, Carl acude a un puente de Eureka para suicidarse. Jack acude para intentar convencerlo de que no lo haga, pero ambos caen al vacío. Milagrosamente, ambos sobreviven a la caída, y además, Carl regenera sus heridas al instante, haciendo ver que la regeneración celular es posible. Stark decide readmitirlo en Global Dynamics. Pero sospecha que la regeneración que soporta Carl no es sólo fruto de la investigación, sino que está relacionada con el artefacto misterioso alojado en la sección 5.

Eureka se creó después de la 2ª Guerra Mundial, tras las bombas de Hiroshima y Nagasaki. Quedó entonces patente que el papel de la ciencia y la tecnología podía tener consecuencias catastróficas para nuestro mundo. La raza humana estuvo a punto de perecer… y América no podía permitirse que un riesgo así volviera a presentarse. Con la ayuda de Albert Einstein y otros consejeros de su confianza, el Presidente Harry S. Truman proyectó la construcción de una ciudad altamente secreta, en una zona remota del Pacífico Noroeste que serviría para proteger al mundo y también para estimular el ingenio de las mentes más privilegiadas de América. Allí, Einstein y sus colaboradores esperaban que los genios pudieran vivir y trabajar en armonía, ayudándose unos a otros. En Eureka se hallan los más grandes pensadores y los super-genios de la nación que trabajan en la próxima era de logros científicos.