Durante la graduación de Zoe en 2010, los ciudadanos de Eureka disfrutan de un feliz presente y brillante futuro. Henry está casado con su colega científica del alma Kim. Jack y Alisson están felizmente casados y esperan un bebé. De repente, Fargo interrumpe la celebración de Zoe requiriendo la presencia de Carter y Allison en Global Dynamics para solucionar un misterio espantoso. El cuerpo de una mujer ha aparecido calcinado por la radiación en la sección cinco y no va a ser fácil averiguar a quien pertenece. Henry, que ahora dirige Global Dynamics, dice que va a estar complicado reconocer el cuerpo porque el ADN está muy dañado debido a la radiación. Kim investiga a fondo para averiguar de quién es el cuerpo encontrado, mientras Carter y Alisson descubren que el Jeep de Jack, una reliquia del año 2007, aparece en plena calle central. Fargo teoriza entonces, que Eureka está sufriendo anomalías temporales debido al acelerador de taquiones de Global Dynamics.

Eureka se creó después de la 2ª Guerra Mundial, tras las bombas de Hiroshima y Nagasaki. Quedó entonces patente que el papel de la ciencia y la tecnología podía tener consecuencias catastróficas para nuestro mundo. La raza humana estuvo a punto de perecer… y América no podía permitirse que un riesgo así volviera a presentarse. Con la ayuda de Albert Einstein y otros consejeros de su confianza, el Presidente Harry S. Truman proyectó la construcción de una ciudad altamente secreta, en una zona remota del Pacífico Noroeste que serviría para proteger al mundo y también para estimular el ingenio de las mentes más privilegiadas de América. Allí, Einstein y sus colaboradores esperaban que los genios pudieran vivir y trabajar en armonía, ayudándose unos a otros. En Eureka se hallan los más grandes pensadores y los super-genios de la nación que trabajan en la próxima era de logros científicos.