Sorprendido al descubrir que una rehén de Waabri llamada Rachel Dalton es de hecho una funcionaria de la inteligencia militar de alto rango, Scott, acompañado ahora por Stonebridge y Richmond, evita una masacre hostil en Mogadiscio a manos de Waabri y su atractiva socia, Asmara, que esperan iniciar una nueva vida vendiendo cuatro armas nucleares a un comprador misterioso en Sudáfrica. Cuando el equipo regresa a Londres, la Sección 20 nombra a un nuevo líder para sustituir al coronel Grant, y Stonebridge se reconcilia con Kerry, aunque por poco tiempo.

Narra la historia de un soldado, John Porter, destinado en Iraq en 2003 que tras un conflicto en el que mueren varios compañeros se ve apartado del servicio. Tras 7 años alejado del ejército, John Porter se ofrece para ayudar, como agente al servicio del gobierno, en una misión en la que está implicado un antiguo compañero. Debido a su éxito (la BBC se hizo con los derechos de su emisión internacional) generó otra serie con nuevos protagonistas llamada "Strike Back: Project Dawn", siendo coproducida por el canal inglés Sky y el estadounidense Cinemax.