Comienza el Paper Shuffle con el examen de matemáticas, donde se resolverá la apuesta entre Kushida y Horikita.

Kiyotaka Ayanokouji acaba de entrar en la Academia Tokyo Koudo Ikusei, de la cual se dice que el 100% de sus estudiantes acaban yendo a la universidad o encontrando un buen trabajo. Sin embargo nuestro protagonista acaba en la Clase 1-D, donde la escuela pone a todos los alumnos con problemas. Y lo que es más, cada mes la escuela otorga a los estudiantes puntos por valor de 100.000 yenes, y las clases emplean un sistema por el cual se puede hablar, dormir e incluso molestar a los compañeros durante las clases.