El melancólico y desmotivado Kiyotaka Ayanokouji asiste a su primer día a la Academia Tokyo Koudo Ikusei, una institución establecida por el gobierno para formar a una generación de los mejores y más brillantes de Japón. Se dice que en esta escuela todo se decide en función de los méritos, lo que incluye la generosa asignación mensual de puntos que los estudiantes pueden gastar en las tiendas locales. A medida que Ayanokouji empieza a desenvolverse en este sistema, también entabla una curiosa relación con la distante compañera de fuera Suzune Horikita y con la terminantemente gregaria Kikyou Kushida.

Kiyotaka Ayanokouji acaba de entrar en la Academia Tokyo Koudo Ikusei, de la cual se dice que el 100% de sus estudiantes acaban yendo a la universidad o encontrando un buen trabajo. Sin embargo nuestro protagonista acaba en la Clase 1-D, donde la escuela pone a todos los alumnos con problemas. Y lo que es más, cada mes la escuela otorga a los estudiantes puntos por valor de 100.000 yenes, y las clases emplean un sistema por el cual se puede hablar, dormir e incluso molestar a los compañeros durante las clases.