Dos polizones de un avión son traídos al hospital por las heridas que sufrieron durante el vuelo, lo que hace que Sharon Goodwin reciba la visita del Departamento de Seguridad Nacional a raíz de los inmigrantes indocumentados. Cornelius Rhodes, el adinerado padre del Dr. Connor Rhodes, es homenajeado luego de realizar una donación importante al hospital para una nueva sala de psiquiatría, lo que hace que salgan a la luz oscuros secretos familiares. Llega el gran día de la Dra. Natalie Manning y las buenas intenciones del Dr. Will Halstead por ayudarla son malinterpretadas por su suegra, Helen. Entretanto, la Dra. Sarah Reese le pide consejo al Dr. Charles para darle una noticia dolorosa a un niño pequeño y advertir a su familia de la posibilidad de que su otro hijo pueda también sufrir de la peligrosa enfermedad.

Chicago Med se describe como "un viaje emocional a través del caos del día a día del hospital más explosivo de la ciudad y el equipo de valientes médicos que lo mantiene unido." La serie hace frente a casos inspirados por acontecimientos de la actualidad, además de entrelazar con los personajes de Chicago Fire y Chicago P.D.